Nació el 27 de abril de 1960 en la parte vieja de San Sebastián. Su vinculación con la cocina empieza a los 14 años cuando empezó a echar una mano en el negocio familiar, el Bodegón Alejandro.

A los 17 años, se matriculó en la Escuela de Pastelería Moderna de Issengeaux, Francia. A partir de ese momento, durante 12 años viajó al país vecino para realizar cursillos de cocina, bombonería, charcutería... de todo un poco. Lo iba compaginando con su trabajo en el restaurante de su madre y su tía y en otros muchos restaurantes en los que entró como aprendiz.

En 1992, abrió el Martín Berasategui de Lasarte y en 1995 creó el Grupo que lleva su nombre y que está integrado por los restaurantes del Museo Guggenheim de Bilbao, el Palacio Kursaal de San Sebastián y el Mugaritz de Lasarte, entre otros.

Actualmente compatibiliza la cocina de su restaurante con el asesoramiento a otros establecimientos, como Albatros, El Sumiller y El Amparo, en Madrid.

Uno de los momentos más emotivos de su carrera profesional fue, en diciembre de 2001, cuando la Guía Michelín le concedió la tercera estrella. Se reconocía el esfuerzo de tantos años de trabajo en compañía de su equipo.

Lleva ya mucho tiempo preocupado por hacer una cocina que, además de rica, sea saludable. Este está siendo su caballo de batalla en los últimos años, desde que perdiera más de 30 kilos de peso siguiendo una dieta.  Da por hecho que su cocina debe ser sabrosa, pero además quiere que reporte salud al consumidor, que facilite la digestión y que siente bien.

Empezó como profesor en la escuela de cocina de San Sebastián, y al final creó su propia escuela.